COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.774042
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.760606
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.759239
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.764791
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.771552
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.771610
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.794531

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.460280 1.460280 1.913669
2021-07-03 17:00:00 1.351351 1.351351 1.925291
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 1.922395
2021-07-01 17:00:00 4.694836 2.629108 2.008559
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.026305
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 2.015358
2021-06-28 17:00:00 0.404858 2.014268 1.967641

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 3.797468 3.797468 3.776528
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.992626
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.953265
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.291212
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.376405
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.478523
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.436597

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.703159
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.713404
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.715622
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.690654
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.750129
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.703178
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.666113

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.566799
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.593733
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.583747
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.676578
2021-06-30 17:00:00 6.802721 6.802721 6.757965
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 6.832630
2021-06-28 17:00:00 6.434316 14.544236 7.123227

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.000178
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.014826
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 4.033858
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.077506
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.701380 4.049251
2021-06-29 17:00:00 2.257053 2.257053 3.984357
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.563280 4.114406

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.728659
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.660014
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.648628
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.674121
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.620778
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.596289
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.826446 1.515956

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.487364
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.465028
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.491357
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.509848
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.537277
2021-06-29 17:00:00 1.803922 1.803922 2.533760
2021-06-28 17:00:00 3.354839 1.792176 2.569103

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.685304
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.667465
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.670168
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.677364
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.684652
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.691305
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.704024

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.123226
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.185436 1.114371
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.110576
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.118192
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.120381
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.191667 1.124554
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.113014 1.108594

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 3.565217 3.565217 2.197834
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 2.080968
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 1.970551
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.315789 1.857147
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.569859 1.729183
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.654247
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.319829 1.585318

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.306583
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.342386
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.381284
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.453178
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.476837
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.497160
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.503296

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.624833
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.702869
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.717834
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.593625 2.710999
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.837061
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.817137
2021-06-28 17:00:00 3.191489 3.191489 2.805481

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.772435
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.344828 0.735065
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.739821
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.725326
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.742934
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.729863
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.176056 0.731433

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.708466
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.799269 0.717241
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.720170
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.730094
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.755165
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.770452
2021-06-28 17:00:00 0.504505 1.189189 0.785793

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 5.341880 1.676727 2.439196
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.494673
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.613573
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.635814
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.750059
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 2.868738
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 2.899426

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.785659
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.787944
2021-07-02 17:00:00 1.178689 1.178689 0.772433
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.758553
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.754529
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.718174
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.054363 0.706696

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 3.049169
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 3.022095
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.995899
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.944044
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.971827
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.929307
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.932690

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.090028
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.085238
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 1.072895
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 1.083172
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 1.079861
2021-06-29 17:00:00 0.389105 1.059230 1.052431
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.776288 1.042922

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.397740
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.462445
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.522336
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.678733 1.549608
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.646843
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 1.678605
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.718483

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 1.038073
2021-07-03 17:00:00 1.401869 1.401869 0.970192
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 1.008478
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 1.042035
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.050176
2021-06-29 17:00:00 1.775148 1.775148 1.052913
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.044143

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.520339
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.248031 2.453478
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.422015
2021-07-01 17:00:00 2.340426 2.340426 2.365970
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.329021
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.272435
2021-06-28 17:00:00 2.642008 1.013171 2.205291

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.460280 1.460280 1.913669
Basilicata 3.797468 3.797468 3.776528
Calabria 1.552393 1.552393 1.703159
Campania 5.702436 5.702436 6.566799
Emilia-Romagna 4.605846 4.605846 4.000178
Friuli Venezia Giulia 1.829268 1.829268 1.728659
Lazio 2.618297 2.618297 2.487364
Liguria 0.781250 0.781250 0.685304
Lombardia 1.109229 1.109229 1.123226
Marche 3.565217 3.565217 2.197834
Molise 0.681818 0.681818 0.306583
P.A. Bolzano 3.809524 3.809524 2.624833
P.A. Trento 1.077199 1.077199 0.772435
Piemonte 0.960846 0.960846 0.708466
Puglia 5.341880 1.676727 2.439196
Sardegna 1.902174 1.902174 0.785659
Sicilia 2.888700 2.888700 3.049169
Toscana 1.184147 1.184147 1.090028
Umbria 2.650602 2.650602 1.397740
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 1.038073
Veneto 2.475479 2.475479 2.520339

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Jul 4 17:41:32 2021 revision 343, 65e9952a